Ζεσταίνουμε τις 2 κ.σ ελαιόλαδο σε βαθύ τηγάνι και σοτάρουμε τα κομμάτια κοτόπουλου για 8-10 λεπτά, μέχρι να πάρουν χρώμα από όλες τις μεριές.
Προσθέτουμε αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι.
Προσθέτουμε το κρεμμύδι και το σκόρδο και συνεχίζουμε το σοτάρισμα για 2 λεπτά μέχρι να μαλακώσουν.
Σβήνουμε με κρασί.
Όταν εξατμιστεί το κρασί, ρίχνουμε το ξύσμα και τον χυμό λεμονιών.
Ρίχνουμε το κριθαράκι ολικής άλεσης σε λαδωμένο ελαφρώς με πινελάκι σκεύος ή πυρίμαχο σκεύος και τοποθετούμε από πάνω το κοτόπουλο με την σάλτσα του.
Πασπαλίζουμε με τα φυλλαράκια θυμαριού. Προσθέτουμε νερό για να είναι πιο ελαφρύ, μέχρι να έχει καλυφθεί το κριθαράκι κατά 1-2 εκ.
Βάζουμε το γιουβέτσι να ψηθεί σε προθερμασμένο φούρνο στους 170 βαθμούς για 50 λεπτά περίπου.